Prototype《基因任务》的叙事手法很特别，以倒叙与记忆片断交错的方式构筑出整段故事，看似破碎的故事其实环环相扣，首尾呼应。以下剧情解析由主线剧情以及阴谋网络（Web of Intrigue）归纳而成，强烈建议全破一轮后再行阅读。我们先从游戏主线剧情开始，将各章节与任务的剧情推展约略解释一遍：

﹝以下严重透露剧情﹞

 

Episode 1

Memory in Death

教学任务，病毒扩散的第18天。

Unexpected Family

病毒扩散首日。有人在Penn Station释放不明病毒。 Alex Mercer的尸体在解剖台上苏醒，对所发生的事情没有任何记忆。吞噬Blackwatch追兵后，Alex Mercer记起自己有个妹妹，Dana Mercer。

 

Episode 2

Past and Present

Alex Mercer试图回自宅寻找线索，向事件的原凶进行复仇，却正中Blackwatch的埋伏。

Behind the Glass

Dana从Alex的电脑中找到Elizabeth Greene这个名字。 Alex进入Gentek设施后导致Elizabeth Greene脱逃，造成曼哈顿区第二波病毒感染。

 

Episode 3

The Wheels of Chance

Alex Mercer寻求前女友暨Gentek员工，Karen Parker的协助。

A New Order

Karen Parker发现感染源来自两支不同的病毒株。

 

Episode 4

Open Conspiracy

核能空母USS Reagan抵达哈德逊湾（Hudson Bay），Blackwatch提高动员层级。

In the Web

Blackwatch在市区内大规模部署病毒侦测装置。 Gentek主席Raymond McMullen提供Blackwatch可消灭Alex Mercer体内病毒的病原体。

The Altered World

Alex Mercer扰乱病毒侦测装置，意图接近McMullen，结局以失败收场。

Errand Boy

Karen Parker背叛Alex Mercer。 Alex Mercer被Blackwatch的队长Robert Cross注入病原体，丧失部分能力。

 

Episode 5

Under the Knife

病原体开始寄生并侵蚀Alex Mercer。 Alex前往圣保罗医院，找上同为前Gentek员工的Ragland医生，请求他的协助。

The Stolen Body

Alex Mercer与Ragland医生渗透进军事基地，调查Penn Station病毒感染者的遗体。

Biological Imperative

利用Hunter作为培养体，Ragland医生成功制造出对抗病原体的抗体。 Alex Mercer恢复原先的能力。

 

Episode 6

The Door in the Wall

Dana被不明Hunter绑走。曼哈顿感染程度持续上升。

First and Last Things

Alex Mercer制服Leader Hunter。

The First Monster

Alex Mercer吞噬Leader Hunter，进一步找出绑架Dana的变种hunter，将其吞吃后获知Dana的所在。

Making the Future

利用军方的火力，Alex Mercer进入核心巢穴寻找Dana。

Children of Blacklight

核心巢穴的中心，是Blacklight病毒的核心带原者Elizabeth Greene。 Alex Mercer将病原体注入Greene，却被Greene排出体外，并形成Supreme Hunter。 Alex Mercer成功救出Dana，但她陷入昏迷。

 

Episode 7

Men Like Gods

一名身分不明的人士向Alex Mercer透露病毒的起源。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并导入使用病毒技术的超级士兵。

Dream of Armageddon

军方进一步在地面部属Bloodtox散布装置。出于自保，Alex Mercer企图颠覆Bloodtox的散布行动。

A World Set Free

军方打算利用特殊帮浦将Bloodtox打至地底，消灭躲藏的感染体。 Alex Mercer伪装成士兵进行护送。

 

Episode 8

Things to Come

帮浦就位，大量的Hunter与Hydra感染体从地底涌出。

On Instinct

躲藏在地底下的Elizabeth Greene现身，被Alex Mercer击杀并吞噬。

Shock and Awe

Elizabeth Greene已被消灭，Alex Mercer企图摧毁Bloodtox的生产设施，佯装失手后与McMullen对质。 McMullen为了不让Alex Mercer夺取记忆，举枪自尽。

 

Episode 9

The Last Man

Alex Mercer的匿名连络人身分揭晓，他是Blackwatch的队长，Robert Cross。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。 Alex Mercer开始追踪地面部队的领袖。

Two Tickets

Alex Mercer将抗命逃亡的Ian Taggart吞噬掉。 Alex变化为Taggart的外观，与Cross两人成功登上哈德逊港外的USS Reagan。

终章

One Thousand Suns

Alex Mercer吸收了主导者Peter Randall将军。军队领袖与感染核心Elizabeth Greene都被消灭，扮成Cross的Supreme Hunter现出真面目，企图吞噬Alex。消灭Supreme Hunter后，Alex将倒数引爆中的核弹载离纽约，沉入水底。核弹的威力将他炸飞，尸身的碎片在曼哈顿岛上吸收其他生物体，Alex Mercer二度复活。

以上就是游戏的基本剧情流程，但是上述的叙述法有个致命的错误：Alex Mercer早在游戏开始前的Penn Station事件中就死了，自认是Alex Mercer的男子，其实只是吞噬了Alex的尸体以及部分记忆的Blacklight实验病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戏主角，是以Alex Mercer的外观与部分记忆作为预设值的「Prototype」生物体。故事的趣味由此而生：Prototype自以为是Alex Mercer，但是却不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化灾难中扮演什么角色，它基于错误的认知而展开复仇行动，因而导致更大的灾祸。

那么，要理解整个《Prototype》的剧情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。

Alex Mercer究竟是谁？

Alex Mercer是生物科技公司Gentek旗下的生化武器计画之一，Blacklight（黑光计画）的研究员。 Blacklight的目的是利用特殊生物样本，也就是Elizabeth Greene，研发出针对性的病毒武器，是政府／军方出资的黑计画。由于Blacklight计画风声走漏，军方决定派出病毒／生化危机处理小组Blackwatch（黑色守望）将整个计画封锁，并处理掉所有的相关人事。 Alex Mercer察觉事情不对劲，便开始私下调查，并且利用自己的妹妹，要求她从外部协助。

当Alex发现军队将肃清Blacklight／Gentek后，他决定自保。他把收集到的资料（笔记型电脑）寄给妹妹，自己则把Blacklight病毒偷出实验室，认为这样就能要胁军方。然而，Blackwatch在Penn Station找到了他，而且无意妥协；眼看自己无路可逃，注定命丧于此，Alex Mercer决定拖全纽约市的人一起陪葬，打破了装满Blacklight病毒的试管。虽然Blackwatch立即将他枪杀，但为时已晚，病毒已经散布了出去，开始感染纽约市民。 Alex Mercer当场死亡，现场的高浓度Blacklight病毒吞噬了他的尸体以及零碎的记忆，成为Prototype（Blacklight原型体）。

Alex Mercer的尸体是Prototype第一个吞噬的对象，因此他的外观成为Prototype的预设外表；而且，就和游戏中Prototype吞噬其他人所获得的记忆片断一样，Prototype只取得了Alex Mercer一部分的残余记忆（乃至于人格），这也就是游戏开始时Prototype／伪Alex Mercer会「失去记忆」的原因。 Prototype对失去记忆／病毒感染的始作俑者怀抱着的莫名复仇心，也能从Prototype还残存着Alex Mercer生前对Gentek／军方抱持的畏惧与恨意来解释。

Elizabeth Greene又是谁？她和Blacklight（Prototype）有什么关系？

1963年，美国军方在爱达荷州的荷普镇（Hope，Idaho）进行特殊进化病毒实验，以动物作为实验对象。 1964年，军方开始人体实验，将病毒（日后的Blacklight）注入所有荷普镇民的体内，原本的目的只是为了开发出可针对特定人种／种族生效的病毒武器。起初没有任何的变化（除了1965年出生的婴儿体内出现分化的新种病毒），直到1968年，镇民开始出现奇异的集体行为，接下来全镇瞬间陷入病毒感染，感染的核心就是19岁的Elizabeth Greene。军方杀害了所有的感染者，只留下Elizabeth Greene，并将她拘禁起来，继续病毒研究。作为19岁高加索人种女性的Elizabeth Greene已经不存在，军方／Gentek所囚禁的是具有Elizabeth Greene外观的Blacklight病毒综合体，这个病毒综合体拥有集体意识，能控制其他的感染者，与荷普镇的情况相同。

由剧情中Karen Parker发现两种病毒来研判，Alex Mercer窃走Blacklight的病毒应该是Elizabeth Greene体内Blacklight母株的分支、变种或改造株，这也是Elizabeth Greene对Prototype／伪Alex Mercer说「我是你的母亲」的原因。

Elizabeth Greene于1969年感染爆发时怀有身孕，她与她的儿子（代号Pariah）在荷普镇事件后均为军方所接管。荷普镇镇压行动的负责人为现今时间点镇压纽约感染的Peter Randall将军，时为中尉，当时他因为左手在接触Elizabeth Greene／Pariah时遭到感染，而自断一臂。

Karen Parker不是Alex Mercer的女友吗？为什么会突然背叛他？

Karen Parker和Alex Mercer都是Gentek的员工，在Gentek创办人Raymond McMullen手下工作。感染爆发后，Karen Parker成为军方肃清的对象，逃亡失败而被Blackwatch捕获。为了自保，她和军方合作，利用Prototype记忆里残存的爱情印象，卧底监控Prototype的行动。她并没有背叛Alex Mercer；她很清楚Alex Mercer已经死在Penn Station。出现在她面前、向她求援的是病毒综合体Prototype。

在游戏中，玩家达成特定条件后可以找到Karen Parker，向她复仇。

Ragland医生是谁？为什么他会知道Prototype／伪Alex Mercer身上的病毒，而且还能制作抗体？

Bradley Ragland是生医领域的专家，曾因为拒绝为Gentek工作而被全面封杀。他后来转而进入病理学界，在圣保罗医院担任病理学家，长达十年。曼哈顿爆发病毒感染后，他率先察觉事有蹊跷，试图回报疾病通报体系，却被军方／Gentek暗中阻挠。他想带着病毒样本逃出纽约时遭到Blackwatch拦截，Raymond McMullen（McMullen当年封杀Ragland在生医界的前途）允许他继续研究病毒，条件是不得向外通报或泄漏任何有关Blacklight的消息。

Cross为什么最后会变成Supreme Hunter？他何时被感染／吸收的？ Supreme Hunter到底是什么鬼玩意？

Supreme Hunter源自用来对付Prototype的病原体。 Robert Cross用针筒将病原体注入Prototype／伪Alex Mercer的体内，开始以寄生体的方式侵蚀Prototype。但Prototype藉由Ragland的协助，将寄生体排出体外，这支寄生体后来被Prototype当成对抗Elizabeth Greene的武器，但是却无法产生效用。病原体被Greene转化后排出体外，成为Supreme Hunter。

它具备吞噬与吸收的能力（极可能是因为寄生Prototype而来），这点可以从与Prototype首战之后，Supreme Hunter碎裂的尸块仍具生命力而得知；虽然游戏中没有明确透露Robert Cross被吸收的时间点，但Cross开始匿名接触Prototype前极有可能已被感染／吸收，而且是被Supreme Hunter吞噬。

首先，游戏过场中Cross在感染者的感染视觉中呈现被感染的亮黄色，表示Cross已被感染；再者，Prototype／伪Alex Mercer与Cross两人在过场中讨论他被寄生的经过时，Cross问Prototype「有没有想过寄生体是否有感觉」这件事，可以推测出Cross与寄生体／病原体／Supreme Hunter的关联。同时，「寄生体是否有感觉」这句话透露出Supreme Hunter和Prototype一样具有个体意识，不受Greene／感染者集体意识操控－－它与Prototype合作消灭Elizabeth Greene与军队，是出自个体利益与自我生存的考量:除去潜在的操控者（Greene）与威胁（军方）后，再吞噬Prototype，Supreme Hunter便能拥有独一无二的力量，确保自己的生存。

游戏的结局就这样没了？ Dana Mercer呢？

游戏的尾声，Prototype认清了自己并非Alex Mercer，也不仅是Alex Mercer；他自认承载所有被吞噬者的记忆，也背负起所有被吞噬／杀害者的性命，并一肩扛起Alex Mercer感染Penn Station乃至全纽约的罪孽。 Dana Mercer状况不明，不过既然Prototype已经认清自己不是Alex Mercer／Dana Mercer的兄长，会刻意回避Dana是可以理解的。

Prototype虽然暂时脱离军方掌控，但Blackwatch／军方手中仍然有Elizabeth Greene之子，Pariah，Blacklight的研究仍可继续。